Så läser du en peptidsekvens: bokstäver och ändgrupper
· Uppdaterad
Bokstäver, bindestreck och parenteser i en sekvens följer fasta regler. Så läser du dem, och så kontrollerar du massan mot certifikatet.
I korthet
- läsriktningen, från vänster till höger
- N → C
- betyder en amid i C-änden
- -NH2
- står för Aib i kompendiets sekvenser
- X
Kort sagt
En sekvens läses från N till C, och prefix, suffix och noter berättar om ändgrupper, spegelformer och tillägg som ändrar molekylens massa.
Vad betyder bokstäverna i en sekvens?
Varje bokstav i en peptidsekvens står för en aminosyra, skriven med enbokstavskoden för de tjugo vanliga aminosyrorna. GHK är alltså glycin, histidin och lysin i rad, och samma kedja kan skrivas med trebokstavskoder som Gly-His-Lys.
Alla bokstäver är inte begynnelsebokstäver. K står för lysin eftersom L redan var upptaget av leucin, och E står för glutaminsyra. Därför är KPV-peptiden lysin, prolin och valin, och GHK-Cu är GHK med koppar. Vad namnen på de vanligaste peptiderna står för har vi gått igenom i artikeln om peptidnamnen. Här handlar det om själva skrivsättet.
Varför läses den från N till C?
En sekvens läses från vänster till höger, från N-änden med sin fria aminogrupp till C-änden med sin karboxylgrupp. Det är samma riktning som cellens ribosomer bygger proteiner i, och därför blev den standard.
Semax skrivs MEHFPGP: metionin först i N-änden och prolin sist i C-änden. Siffror inom parentes anger var en bit hör hemma i ett större protein. Semax bygger på ACTH(4-7), alltså position fyra till sju i hormonet ACTH, med prolin, glycin och prolin tillagda. I labbet går syntesen åt andra hållet, från C till N, vilket vi förklarar i artikeln om hur en peptid tillverkas.
Räkna med allt när du jämför massan
Massan på analyscertifikatet ska stämma med den massa som räknas fram ur sekvensen. Ändgrupper, fettsyror och metaller ändrar massan, så en sekvens räknad utan dem ger en annan siffra än den som mäts.
Vad betyder Ac- och -NH2?
Ac- och -NH2 är ändgrupper: Ac- betyder att N-änden bär en acetylgrupp, och -NH2 att C-ändens syragrupp har ersatts av en amid. Står det -OH sist är C-änden en fri syra.
Båda ändringarna tar bort en laddning i kedjans ände, och de görs ofta för att kedjan ska stå emot enzymer som bryter ned peptider från ändarna. TB-500 skrivs till exempel Ac-LKKTETQ, och SS-31 slutar på -NH2. Ändgrupperna ändrar molekylens massa, så de måste räknas med när massan tas fram ur sekvensen. I kompendiet har varje ämne med en bestämd sekvens den utskriven, och texten om ämnet säger när ändarna är ändrade.
Hur skrivs en D-aminosyra?
En D-aminosyra skrivs med ett D- framför namnet, till exempel D-Ala eller D-Arg. Nästan alla aminosyror finns i två spegelvända former, L och D, och proteinerna i levande celler byggs av L-formen. Glycin är undantaget, eftersom den saknar spegelform.
När ingenting anges gäller L-formen. I enbokstavskod markeras D-formen ibland med liten bokstav, men det skrivsättet är inte universellt, så det säkra är att leta efter prefixet. SS-31 börjar till exempel med D-Arg. En D-aminosyra har samma massa som sin L-form, så masspektrometri kan inte skilja dem åt. Till det krävs andra metoder, till exempel kiral kromatografi.
Tecknen du oftast möter
- Ac- En acetylgrupp sitter på N-änden.
- -NH2 C-änden är en amid i stället för en fri syra.
- D- Aminosyran är spegelformen av den vanliga L-formen.
- Aib eller X Alfa-aminoisosmörsyra, en byggsten utanför de tjugo vanliga.
- -Cu Peptiden binder en kopparjon, som i GHK-Cu.
Vad är de ovanliga byggstenarna i långa peptider?
De ovanliga byggstenarna är aminosyror utanför de tjugo vanliga, och de skrivs med egna förkortningar. En av de vanligaste i moderna läkemedelsliknande peptider är Aib, alfa-aminoisosmörsyra, som på position 2 skyddar kedjan mot enzymet DPP-4.
Semaglutid har Aib på position 2, som i hormonets egen numrering är position 8. Tirzepatid har Aib på position 2 och 13. Eftersom Aib saknar en egen bokstav visas den som X i sekvenserna i vårt kompendium. Andra förkortningar du kan möta är Nle för norleucin och Dmt för en dimetylerad tyrosin. Grundbegreppen står i ordlistan, och hur de två molekylerna skiljer sig i jämförelsen semaglutid mot tirzepatid.
Hur skrivs en fettsyra eller en metall som koppar?
En fettsyra skrivs som en ändring på den aminosyra den sitter på, oftast en lysin, antingen inom parentes efter den eller i en not under sekvensen. I tirzepatid bär lysinen på position 20 en fettsyrakedja med 20 kolatomer. I semaglutid sitter en kedja med 18 kolatomer, via en länk, på den lysin som i hormonets numrering är position 26.
En metall är ingen aminosyra och skrivs därför efter sekvensen. -Cu i GHK-Cu betyder att tripeptiden binder en kopparjon, koppar(II). Ringar markeras på liknande sätt: en not som anger mellan vilka positioner kedjan är sluten, till exempel en bindning mellan två cysteiner.
Bokstäver, bindestreck och parenteser i en sekvens följer fasta regler. Så läser du dem, och så kontrollerar du massan mot certifikatet.
Var hittar du sekvensen för ett ämne?
Sekvensen för ett ämne hittar du i kompendiet, där varje ämne med en bestämd sekvens har den utskriven, oftast tillsammans med molekylvikten. Ett extrakt eller en blandning har ingen enskild sekvens, och då står det uttryckligen.
Sekvensen är också nyckeln till analyscertifikatet. Masspektrometrin mäter molekylens massa, och den ska stämma med massan som räknas fram ur sekvensen, ändgrupper och tillägg inräknade. För BPC-157, sekvensen GEPPPGKPADDAGLV, är den 1419,5 dalton. Certifikaten för varje batch finns i certifikatbiblioteket, och hur GLP-1-klassens sekvenser vuxit fram står i tidslinjen över GLP-1-forskningen. Hur massan räknas fram ur sekvensen, och hur milligram blir mikromol, visar artikeln om molmassa och dalton.
Jämför massan med sekvensen
Varje batch har ett analyscertifikat med uppmätt massa och renhet.